水生植物会形成相应独特的生理结构来适应水下环境。一些水生植物的叶片会暴露在水面，叶片的气孔吸收气体后通过强大的通风系统传输到植物的水下部分，比如莲藕。有些植物是完全浸没在水中的，如金鱼藻，它可以储存自身呼吸释放的二氧化碳以供光合作用的需要，同时也可以储存光合作用释放的氧气以满足呼吸的需要。

一般来说，水生植物体细胞之间的空隙很大，巨大的空腔形成连贯的系统，充满空气，既能供给生命活动的需要，又能调节浮力。